私たちの体には、体内に侵入してきた異物を体外に排除しようとする働きがあります。これを「免疫」と言いますが、この免疫が何かしらの原因で過剰に反応して起こるのが、アレルギー症状です。
花粉症の原因となる花粉（抗原）が体内に侵入すると、体内で抗体（免疫グロブリンＥ）が作られます。次に再び同じ抗原が体に入ると、先に作られた抗体に抗原が結合し、細胞（肥満細胞）からアレルギーを引き起こす、ヒスタミンやロイコトリエン等の化学伝達物質が放出されます。このヒスタミンが信号となって、くしゃみ・鼻水等のアレルギー症状を引き起こします。